ANÁLISIS de DATOS de MICROARRAYS de EXPRESIÓN

(Principalmente para arrays de Affymetrix de
humano, ratón, rata, levadura)

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1. ANÁLISIS MÚLTIPLE COMPARATIVO DE VARIOS ESTADOS

Descripción: Análisis para búsqueda e identificación de genes significativos utilizando técnicas estadísticas de contraste diferencial de 2 estados (NORMAL versus ALTERADO) con un mínimo de 2 réplicas biológicas para cada estado. (Si se quieren analizar menos muestras, habrá que estudiar el caso: ver 3. Análisis a medida).

Datos Recibidos: Para realizar el análisis es necesario que el usuario nos proporcione los datos crudos de cada microarray (es decir, los ficheros .CEL y .RPT): 3n RÉPLICAS x 2 ESTADOS = 6 microarrays (cuando n=1).

Datos Entregados (tras el análisis): Informe completo (en formato PDF, .pdf) y archivo de datos (en formato EXCEL, .xls) (ejemplo) con la lista de genes significativos incluyendo los identificadores de genes, los parametros de significación (p-value, p-value con corrección para test multiple, R-fold) y los nombres y descripción de cada gen. Cada lista diferenciará 2 grupos: los genes que se sobreexpresan (en ROJO) y los que se reprimen (en VERDE) respecto a los controles.

Tarifa para los USUARIOS de la Unidad de Genómica del CIC: Por el análisis bioinformático se añadirá un 10% el coste de los microarrays. (Número mínimo de microarrays: 4. Para microarrays "whole-transcript expression" cómo por ejemplo Human Gene 1.0 y Human Exon 1.0 el coste a añadir será el 20%).

Solicitud (SOLO para los NO USUARIOS de la Unidad de Genómica): Enviar el formulario a la dirección ubioinfo@usal.es o contactar directamente con Diego Alonso de la Unidad de Bioinformática: diego.alonso@usal.es.

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2. ANÁLISIS DE PERFILES DE EXPRESIÓN DE GENES ESPECÍFICOS

Descripción: Análisis para identificación del perfil de expresión de genes seleccionados de especial interés en todas las muestras de un set o grupo dado. Para este análisis se utilizaran métodos de normalización robusta de muestras múltiples.

Datos Recibidos: Para realizar el análisis se necesitan los ficheros (.CEL) con los datos crudos de cada microarray.

Datos Entregados: Informe completo (en formato PDF, .pdf) incluyendo las figuras con los perfiles de expresión.

Tarifa: A convenir según el número de genes y la dimensión del estudio. Contactar con Diego Alonso de la Unidad de Bioinformática: diego.alonso@usal.es.

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3. ANÁLISIS A MEDIDA

Descripción: Se podrán solicitar análisis a medida, así cómo, nuevos estudios sobre análisis anteriores ya realizados.

Tarifa: Habrá que estudiar cada caso y se hará un presupuesto para cada estudio. La tarifa será ajustada en base a las horas de trabajo estimadas y al número de análisis. La Unidad de Bioinformática se reserva el derecho de admitir los trabajos dependiendo de la disponibilidad de personal y de tiempo. En todo caso, los investigadores del CiC-IBMCC podrán acceder directamente a consultas a los miembros de la Unidad para estudiar y tratar de priorizar sus necesidades.

Solicitud: Enviar un correo electrónico a la dirección ubioinfo@usal.es o contactar con Diego Alonso de la Unidad de Bioinformática: diego.alonso@usal.es.

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AYUDA e INFORMACIÓN para ANÁLISIS FUNCIONAL

Tras la identificación de genes significativos se suele proceder a la realización de estudios de asignación biológica-funcional. Este tipo de análisis puede ser muy amplio y variar mucho dependiendo de los objetivos de cada estudio.

La Unidad de Bioinformática tratará de dar apoyo a los investigadores falicitando estrategias de anotación y ayuda para el uso del programa INGENUITY.

También como ayuda y orientación para estudios funcionales incluimos una página con información y enlaces a herramientas bioinformáticas de interés.

ANÁLISIS FUNCIONAL