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ANÁLISIS de DATOS de MICROARRAYS de EXPRESIÓN
(Para Microarrays de AFFYMETRIX de humano, ratón, rata, levadura)
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1. ANÁLISIS MÚLTIPLE DE 2 ESTADOS
Descripción: Análisis para búsqueda e identificación de genes significativos
utilizando técnicas estadísticas de contraste diferencial de 2 estados
(NORMAL versus ALTERADO) con un mínimo de 2 réplicas biológicas para cada estado.
(Si se quieren analizar menos muestras, habrá que estudiar el caso: ver 3. Análisis a medida).
Datos Recibidos: Para realizar el análisis es necesario que el usuario nos proporcione
los datos crudos de cada microarray (es decir, los ficheros .CEL y .RPT):
3n RÉPLICAS x 2 ESTADOS = 6 microarrays (cuando n=1).
Datos Entregados (tras el análisis): Informe completo (en formato PDF, .pdf)
y archivo de datos
(en formato EXCEL, .xls) (ejemplo)
con la lista de genes significativos incluyendo los identificadores
de genes, los parametros de significación (p-value, p-value con corrección para test multiple,
R-fold) y los nombres y descripción de cada gen. Cada lista diferenciará 2 grupos:
los genes que se sobreexpresan (en ROJO) y los que se reprimen (en VERDE) respecto a los controles.
TARIFA para los USUARIOS de la Unidad de Genómica del CIC: Por el análisis bioinformático
se añadirá un 10% el coste de los microarrays.
(Número mínimo de microarrays 4).
(Este será el análisis realizado por defecto).
TARIFA para los NO USUARIOS de la Unidad de Genómica del CIC: Por un lote de 6 microarrays
240 € (por cada microarray adicional 30 €).
Solicitud (SOLO para los NO USUARIOS de la Unidad de Genómica):
Enviar el formulario
a la dirección ubioinfo@usal.es
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2. ANÁLISIS DE PERFILES DE EXPRESIÓN DE GENES ESPECÍFICOS
Descripción: Análisis para identificación del perfil de expresión
de genes seleccionados de especial interés en todas las muestras de un set o grupo dado. Para este análisis se utilizaran
métodos de normalización robusta de muestras múltiples.
Datos Recibidos: Para realizar el análisis se necesitan
los ficheros (.CEL) con los datos crudos de cada microarray.
Datos Entregados: Informe completo (en formato PDF, .pdf) incluyendo las figuras con los
perfiles de expresión.
TARIFA: 12 € por gen seleccionado.
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3. ANÁLISIS A MEDIDA
Descripción: Se podrán
solicitar bajo presupuesto análisis a medida, así cómo,
nuevos estudios sobre análisis anteriores ya realizados.
Tarifa: Habrá que estudiar
cada caso y se hará un presupuesto para cada estudio.
La tarifa será ajustada en base a las horas de trabajo estimadas y al número
de chips. En todo caso, la Unidad de Bioinformática se reserva el derecho de admitir los
trabajos dependiendo de la disponibilidad de personal y de tiempo.
Solicitud:
Enviar un correo electrónico a la dirección ubioinfo@usal.es
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AYUDA E INFORMACIÓN PARA ANÁLISIS FUNCIONAL
Tras la identificación de genes significativos se debe
proceder a la realización de estudios de asignación biológica-funcional.
Esta parte se escapa actualmente al servicio de la Unidad de Bioinformática
por ser muy amplia y variar mucho dependiendo de los objetivos de cada estudio.
Como ayuda y orientación para estudios funcionales
incluimos una página con información y
enlaces a herramientas bioinformáticas de interés.
Análisis funcional
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