UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA
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ANÁLISIS de DATOS de MICROARRAYS de EXPRESIÓN

(Principalmente para arrays de Affymetrix)

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1. ANÁLISIS MÚLTIPLE COMPARATIVO DE VARIOS ESTADOS

Descripción: Análisis para búsqueda e identificación de genes significativos utilizando técnicas estadísticas de contraste diferencial de 2 estados (NORMAL versus ALTERADO) con un mínimo de 2 réplicas biológicas para cada estado. (Si se quieren analizar menos muestras, habrá que estudiar el caso: ver 3. Análisis a medida).

Datos Recibidos: Para realizar el análisis es necesario que el usuario nos proporcione los datos crudos de cada microarray (es decir, los ficheros .CEL y .RPT).

Datos Entregados (tras el análisis): Informe completo y archivos de datos con la lista de genes significativos incluyendo los identificadores de genes, los parametros de significación (p-value, p-value con corrección para test multiple, R-fold) y la anotación de cada gen. Cada lista diferenciará 2 grupos: los genes que se sobreexpresan (en ROJO) y los que se reprimen (en VERDE) respecto a los controles.

Tarifa: La tarifa será el 20% del coste de los microarrays.

Solicitud: Contactar con Diego Alonso en diego.alonso[at]usal.es

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2. ANÁLISIS DE PERFILES DE EXPRESIÓN DE GENES ESPECÍFICOS

Descripción: Análisis para identificación del perfil de expresión de genes de especial interés.

Datos Recibidos: Para realizar el análisis se necesitan los ficheros (.CEL) con los datos crudos de cada microarray.

Datos Entregados: Informe completo incluyendo las figuras con los perfiles de expresión.

Tarifa: A convenir según el número de genes y la dimensión del estudio. Contactar con Diego Alonso en diego.alonso[at]usal.es.

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3. ANÁLISIS A MEDIDA

Descripción: Se podrán solicitar análisis a medida así como nuevos estudios sobre análisis anteriores ya realizados.

Tarifa y Solicitud: Contactar con Diego Alonso en diego.alonso[at]usal.es.

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4. ANÁLISIS FUNCIONAL

Tras la identificación de genes significativos se suele proceder a la realización de estudios de asignación biológica-funcional. Este tipo de análisis puede ser muy amplio y variar mucho dependiendo de los objetivos de cada estudio. La Unidad de Bioinformática tratará de dar apoyo a los investigadores falicitando estrategias de anotación y ayuda para el uso del programa INGENUITY.

Tarifa y Solicitud: Contactar con Diego Alonso en diego.alonso[at]usal.es.

También como ayuda y orientación para estudios funcionales incluimos una página con información y enlaces a herramientas bioinformáticas de interés.

ANÁLISIS FUNCIONAL

 
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