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ANÁLISIS de DATOS de MICROARRAYS de EXPRESIÓN
(Principalmente para arrays de Affymetrix)
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1. ANÁLISIS MÚLTIPLE COMPARATIVO DE VARIOS ESTADOS
Descripción: Análisis para búsqueda e identificación de genes significativos
utilizando técnicas estadísticas de contraste diferencial de 2 estados
(NORMAL versus ALTERADO) con un mínimo de 2 réplicas biológicas para cada estado.
(Si se quieren analizar menos muestras, habrá que estudiar el caso: ver 3. Análisis a medida).
Datos Recibidos: Para realizar el análisis es necesario que el usuario nos proporcione
los datos crudos de cada microarray (es decir, los ficheros .CEL y .RPT).
Datos Entregados (tras el análisis): Informe completo y archivos de datos
con la lista de genes significativos incluyendo los identificadores
de genes, los parametros de significación (p-value, p-value con corrección para test multiple,
R-fold) y la anotación de cada gen. Cada lista diferenciará 2 grupos:
los genes que se sobreexpresan (en ROJO) y los que se reprimen (en VERDE) respecto a los controles.
Tarifa: La tarifa será el 20% del coste de los microarrays.
Solicitud:
Contactar con Diego Alonso en diego.alonso[at]usal.es
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2. ANÁLISIS DE PERFILES DE EXPRESIÓN DE GENES ESPECÍFICOS
Descripción: Análisis para identificación del perfil de expresión
de genes de especial interés.
Datos Recibidos: Para realizar el análisis se necesitan
los ficheros (.CEL) con los datos crudos de cada microarray.
Datos Entregados: Informe completo incluyendo las figuras con los
perfiles de expresión.
Tarifa: A convenir según el número de genes y la dimensión del estudio.
Contactar con Diego Alonso en diego.alonso[at]usal.es.
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3. ANÁLISIS A MEDIDA
Descripción: Se podrán
solicitar análisis a medida así como
nuevos estudios sobre análisis anteriores ya realizados.
Tarifa y Solicitud:
Contactar con Diego Alonso en
diego.alonso[at]usal.es.
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4. ANÁLISIS FUNCIONAL
Tras la identificación de genes significativos se suele
proceder a la realización de estudios de asignación biológica-funcional.
Este tipo de análisis puede ser muy amplio y variar mucho dependiendo de los objetivos de cada estudio. La Unidad de Bioinformática tratará de dar apoyo a los investigadores falicitando
estrategias de anotación y ayuda para el uso del programa INGENUITY.
Tarifa y Solicitud: Contactar con Diego Alonso en diego.alonso[at]usal.es.
También como ayuda y orientación para estudios funcionales
incluimos una página con información y
enlaces a herramientas bioinformáticas de interés.
ANÁLISIS FUNCIONAL
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